Posláním Institutu kritického myšlení je vytvářet aktivní spolupráci lidí z akademického a nadačního světa, kteří jsou nositeli duchovních hodnot, a posilovat jejich působení ve společnosti s důrazem na tzv. třetí roli univerzity. Ta v pojetí institutu spočívá především v péči o kulturu a zdraví ve společnosti, tedy v ochraně vyšších hodnot vzájemnosti a duševního a duchovního zdraví společnosti.

Institut kritického myšlení se snaží tato témata rozvinout do praxe. Znamená to vedle dialogu také hledat příležitosti – situace, témata a způsoby, které umožní „oživovat“ myšlenky, neboť zůstat jen u teoretických úvah a rozhovorů by bylo nedostatečné.

Hlavní programy IKM jsou:

• Program péče o kulturu a zdraví ve společnosti
• Program integrovaného rozvoje obce

Někde v tomto světě, někde v tomto státě a v této společnosti se musí najít nezbytný počet lidí, kteří spolu uzavřeli spojenectví na život a na smrt ve službách pravdě, nikoliv ve službách státu či ve službách společnosti. Tito lidé slouží lidstvu právě tím a jenom tím, že žijí, pracují a myslí tak, aby se všechno (i oni sami) dostalo do světla pravdy. Ve světle pravdy se však skutečnost nevyjevuje jen taková, jaká jest (jak si to většina Evropanů dodnes myslí), nýbrž to, jak je dána, se zároveň objevuje v napětí s tím, jaká by měla být. (filosof Ladislav Hejdánek, 1989)